Laboratório Multiusuario de Sequenciamento de Ácidos Nucléicos (LMSeq)


Responsabilidade Gerencial:

  • Nome: Prof.Dr. Sérgio Akira Uyemura

Identificação da Central

Identificação da Central

Laboratório Multiusuario de Sequenciamento de Ácidos Nucléicos (LMSeq)
Multiuser Laboratory of Sequencing of Nucleic Acids
Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP)
Análises Clínicas, Toxicológicas e Bromatológicas
14040-903
Avenida do Café
s/n
Vila Monte Alegre
Ribeirão Preto
São Paulo
(16) 3315-4842
(16) 3314-4199
Bloco A, Sala 100

Sobre a Central

Sobre a Central

O centro de Sequenciamento de Ácidos Nucleicos da Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto foi criado em 2010 através do programa multiusuário da FAPESP com a aquisição da plataform GSJunior (Roche), que posteriormente foi descontinuado. Para continuar a oferecer os serviços de sequenciamento foram adquiridos outras plataformas com recursos da Universidade de São Paulo e FAPESP.  Atualmente, a central oferece serviços de sequenciamento de amostras de DNA em larga escala através das plataformas Ion Torrent PGM (ThermoFischer Scientific) e MiSeq (Illumina).

Oferecemos também serviços de sequenciamento de DNA em pequena escala através do método de Sanger, utilizando a plataforma 3500 Genetic Analyzer (ThermoFischer Scientific).

The Nucleic Acid Sequencing Center of the School of Pharmaceutical Sciences of Ribeirão Preto was created in 2010 through the multi-user program of FAPESP with the acquisition of the platform GSJunior (Roche), which was subsequently discontinued. In order to continue offering the sequencing services, other platforms were acquired with funds from the University of São Paulo and FAPESP. Currently, the center offers DNA sequencing services on a large scale through the Ion Torrent PGM (ThermoFischer Scientific) and MiSeq (Illumina) platforms.

We also offer small-scale DNA sequencing services using the Sanger method using the 3500 Genetic Analyzer (ThermoFischer Scientific) platform.

09:00 - 18:00 h

Técnico responsável: Emerson de Souza Santos

Equipamentos

Equipamentos

DNA Sequencer 3500 Genetic Analyzer
060.015302
Projeto FAPESP 12/51558-9
O sequenciador automático de DNA 3500 Genetic Analyzer (ThermoFischer Scientific) realiza sequenciamento de DNA pelo método de Sanger. É recomendado para sequenciamento de DNA plasmidial e amplicons. De acordo com a necessidade do usuário, nossa central de sequenciamento oferece os serviços de processamento integral (reação com BigDye, purificação e sequenciamento) ou parcial (apenas sequenciamento) das amostras.
Applied Biosystems
3500 Genetic Analyzer
3500 Genetic Analyzer
2014

Pesquisador Responsável pelo Equipamento:
Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP)
Sergio Akira Uyemura
suyemura@fcfrp.usp.br
Administrador do Equipamento:
Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP)
Emerson de Souza Santos
emerson.souza.santos@usp.br

Localização:
Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP)
Análises Clínicas, Toxicológicas e Bromatológicas
Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Av. do Café, s/ n°, sala 100D-A, Bairro Monte Alegre, Ribeirão Preto / SP

O 3500 Genetic Analyzer é um instrumento de análise de DNA baseado em fluorescência que usa a tecnologia de eletroforese capilar, apresentando 8 capilares. O 3500 Genetic Analyzer é totalmente automatizado, desde o carregamento de amostras até a análise de dados primários para sequenciamento. As amostras de DNA são preparadas para sequenciamento utilizando o kit BigDye Terminator 3.1 (ThermoFisher Scientific). Após a reação, as amostras de DNA são submetidas à precipitação com EDTA / Etanol e ressuspendidas em Hi-Di Formamide. São a seguir desnaturadas e submetidas à eletroforese capilar e sequenciamento através do 3500 Genetic Analyzer.
The 3500 Genetic Analyzer is a fluorescence-based DNA analysis instrument that uses capillary electrophoresis technology, presenting 8-capillaries. The 3500 Genetic Analyzer is fully automated, from sample loading to primary sequencing data analysis. DNA samples are prepared for sequencing using BigDye Terminator 3.1 kit (ThermoFisher Scientific). After reaction, DNA samples are submitted to precipitation using EDTA/Ethanol method and then ressuspended in Hi-Di Formamide, denatured and submitted to capillary electrophoresis and sequencing inj 3500 Genetic Analyzer.
O equipamento DNA 3500 Genetic Analyzer realiza sequenciamento de DNA pelo método de Sanger. De acordo com a necessidade do usuário, nossa central de sequenciamento oferece o serviço de processamento integral (reação com BigDye, precipitação da amostra e sequenciamento) ou parcial (apenas sequenciamento) das amostras.
O equipamento DNA 3500 Genetic Analyzer é indicado para sequenciamento de amostras de DNA plasmidial e produtos de PCR.
O usuário se responsabiliza por enviar amostras de DNA de boa qualidade e quantidade suficiente para o sequenciamento, sendo essa a chave para uma boa performance. Havendo a necessidade de repetição de alguma das etapas do sequenciamento devido à baixa qualidade amostral, taxas adicionais serão cobradas.

Vínculo Valor por Preço
Comunidade Acadêmica Serviço R$ 50,00
Comunidade Externa (Instituições Públicas) Serviço R$ 50,00
Comunidade Externa Serviço R$ 140,00
Dia da Semana Horários
Das 09:00 às 18:00
Das 09:00 às 18:00
Das 09:00 às 18:00
Das 09:00 às 18:00
Das 09:00 às 18:00
DNA sequencer Ion Torrent PGM
060.015303
Projeto FAPESP 12/51558-9
O equipamento Ion Torrent PGM (ThermoFisher Scientific) é uma plataforma de Sequenciamento de Nova Geração (NGS) com as vantagens de oferecer leituras de até 400 pb e a possibilidade de escolha do chip de sequenciamento de acordo com o objetivo do pesquisador. O chip Ion 314 v2 fornece até 550 mil leituras por corrida, o chip Ion 316 v2 fornece até 3 milhões de leituras por corrida, enquanto que o chip Ion 318 v2 gera até 5,5 milhões de leituras por corrida. A tecnologia é recomendada principalmente para sequenciamento de genomas e transcriptomas de microorganismos, painéis gênicos (DNA ou RNA) e metagenomas. Previamente ao sequenciamento, realizamos o preparo, quantificação e análise de qualidade da biblioteca através de Bioanalyzer e amplificação por emPCR, utilizando o equipamento Ion OneTouch 2 System.
Thermo Fisher Scientific
ION TORRENT PGM
ION TORRENT PGM
2014

Pesquisador Responsável pelo Equipamento:
Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP)
Sergio Akira Uyemura
suyemura@fcfrp.usp.br
Administrador do Equipamento:
Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP)
Emerson de Souza Santos
emerson.souza.santos@usp.br

Localização:
Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP)
Análises Clínicas, Toxicológicas e Bromatológicas
Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Av. do Café, s/ n°, sala 100D-A, Bairro Monte Alegre Ribeirão Preto / SP

O equipamento Ion Torrent PGM é um sequenciador de DNA de nova geração que utiliza o método de sequenciamento por síntese e PCR em emulsão (emPCR). Ao contrário de outras plataformas, não mede a fluorescência. Em vez disso, mede os íons H+ liberados durante a incorporação dos nucleotídeos. Dada sua capacidade de geração de dados (atualmente até 2 bilhões de bases) e velocidade da corrida de sequenciamento (até 8 horas), ele é usado principalemnte para sequenciar pequenos genomas / transcriptomas e sequenciamento direcionado (painéis gênicos). A tecnologia utiliza chips descartáveis ​​que vêm em três variedades: chip Ion 314 v2 - 550 mil leituras; chip Ion 316 v2 - 3 milhões de leituras; chip Ion 318 v2 - 5,5 milhões de leituras). Atualmente, o tamanho das sequências pode atingir até 400 pb.
Ion Torrent PGM uses a sequencing-by-synthesis method and emulsion PCR (emPCR). Unlike other platforms, it doesn’t measure fluorescence. Instead, it measures the H+ ions released during nucleotide incorporation. Given its output capability (currently up to 2 giga bases) and speed of run (up to 8 hours), it is being used mainly to sequence small genomes/transcriptomes and targeted sequencing. It uses disposable chips which come in three varieties of increasing output: Ion 314 v2 chip - 550 thousand reads; Ion 316 v2 chip - 3 million reads; Ion 318 v2 chip - 5.5 million reads). Currently, read length reaches up to 400 bp.
Oferecemos serviço de Sequenciamento de Nova Geração através da plataforma Ion Torrent PGM, realizando desde o preparo das bibliotecas, quantificação e análise de qualidade das bibliotecas através de Bioanalyzer, amplificação por emPCR e enriquecimento através do equipamento Ion OneTouch 2 System, e por fim sequenciamento.
A plataforma Ion Torrent PGM é indicada principalmente para as seguintes aplicações: sequenciamento de genomas e transcriptomas de microrganismos, painéis gênicos (DNA/RNA) e metagenomas.
A chave para uma boa performance no sequenciamento é a utilização de amostras com qualidade e quantidade suficientes, o que é responsabilidade do usuário. Havendo a necessidade de repetição de alguma das etapas do sequenciamento devido à baixa qualidade amostral, taxas adicionais serão cobradas.

Vínculo Valor por Preço
Comunidade Acadêmica Serviço R$ 52000,00
Comunidade Externa (Instituições Públicas) Serviço R$ 52000,00
Comunidade Externa Serviço R$ 104000,00
Dia da Semana Horários
Das 09:00 às 18:00
Das 09:00 às 18:00
Das 09:00 às 18:00
Das 09:00 às 18:00
Das 09:00 às 18:00
DNA Sequencer Illumina MiSeq
060.016738
Projeto FAPESP 12/50507-1
O equipamento MiSeq (Illumina) é uma plataforma de Sequenciamento de Nova Geração (NGS) que tem a vantagem de gerar dados de alta qualidade, leituras de até 2x300 pb e até 15 bilhões de pares de bases por corrida, totalizando cerca de 12-25 milhões de leituras de 2x300 pb. A tecnologia é recomendada principalmente para sequenciamento de genomas/transcriptomas de microorganismos, painéis gêncicos (DNA ou RNA) e metagenomas. Previamente ao sequenciamento, realizamos o preparo das bibliotecas, quantificação por real-time PCR e análise de qualidade da biblioteca através de Bioanalyzer.
Illmunina
MiSeq
MiSeq
2017

Pesquisador Responsável pelo Equipamento:
Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP)
Sergio Akira Uyemura
suyemura@fcfrp.usp.br
Administrador do Equipamento:
Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP)
Emerson de Souza Santos
emerson.souza.santos@usp.br

Localização:
Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP)
Análises Clínicas, Toxicológicas e Bromatológicas
Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Av. do Café, s/ n°, sala 100D-A, Bairro Monte Alegre, Ribeirão Preto / SP

O Illumina MiSeq é um sequenciador de nova geração que executa amplificação clonal, sequenciamento e análise de dados. O sequenciador utiliza uma célula de fluxo do tipo "single-lane" e cartucho de reagentes fornecido em forma de kit. O sequenciamento é realizado por síntese usando nucleotídeos que são modificados e funcionam como terminadores reversíveis. Cada nucleotídeo recém-incorporado gera um sinal fluorescente, que é fotografado e a imagem é armazenada. A interrogação sequencial de bases permite o ajuste do tamanho das leituras durante uma corrida. O instrumento MiSeq permite o uso de diferentes kits para preparação e sequenciamento de bibliotecas, dependendo da aplicação (sequenciamento de DNA genômico, transcriptômica, sequenciamento direcionado ou metagenômica) e no tamanho de leitura desejado, atingindo até 2x300 pb. O MiSeq é capaz de gerar até 25 milhões de leituras e 15 bilhões de pares de bases em uma única corrida.
The Illumina MiSeq is a Next Generation Sequencer that performs clonal amplification, sequencing, and data analysis. The sequencer uses a single-lane flow cell and reagent cartridge supplied in kit form. Sequencing is performed by synthesis using nucleotides that modified as reversible terminators. Each newly incorporated nucleotide generates a fluorescent signal that is imaged. Sequential interrogation of bases allows for the adjustment of read length during a run. MiSeq instrument alllows the use of different kits for library preparation and sequencing, depending on the application (genomic DNA sequencing, transcriptomics, targeted sequencing or metagenomics) and on the desired read size, reaching up to 2x300 bp. MiSeq is able to generate up to 25 million reads and 15 billion base pairs on a single run.
Oferecemos serviço de Sequenciamento de Nova Geração através da plataforma Illumina MiSeq, realizando desde o preparo das bibliotecas, quantificação por PCR em tempo-real, análise de qualidade das bibliotecas através de Bioanalyzer, e por fim amplificação das moléculas para geração de clusters e sequenciamento.
A plataforma Illumina MiSeq é indicada principalmente para as seguintes aplicações: sequenciamento de genomas e transcriptomas de microrganismos, painéis gênicos (DNA/RNA) e metagenomas.
A chave para uma boa performance no sequenciamento é a utilização de amostras com qualidade e quantidade suficientes, o que é responsabilidade do usuário. Havendo a necessidade de repetição de alguma das etapas do sequenciamento devido à baixa qualidade amostral, taxas adicionais serão cobradas.

Vínculo Valor por Preço
Comunidade Acadêmica Serviço R$ 41000,00
Comunidade Externa (Instituições Públicas) Serviço R$ 41000,00
Comunidade Externa Serviço R$ 82000,00
Dia da Semana Horários
Das 09:00 às 18:00
Das 09:00 às 18:00
Das 09:00 às 18:00
Das 09:00 às 18:00
Das 09:00 às 18:00
Capillary Electrophoresis System 2100 Bioanalyzer
060.012052
Projeto CAPES/Pró-equipamentos/PRPG-29803
O 2100 Bioanalyzer (Agilent) é um equipamento que realiza eletroforese capilar com o objetivo de acessar o tamanho, quantidade e integridade de moléculas de DNA e RNA. Uma baixa quantidade de amostra é utilizada na corrida e o resultado tem alta acurácia. É utilizado principalmente para avaliar bibliotecas de sequenciamento de nova geração (NGS) e para avaliação da integridade de amostras de RNA total.
Agilent Technologies
2100
2100
2012

Pesquisador Responsável pelo Equipamento:
Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP)
Sergio Akira Uyemura
suyemura@fcfrp.usp.br
Administrador do Equipamento:
Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP)
Emerson de Souza Santos
emerson.souza.santos@usp.br

Localização:
Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP)
Análises Clínicas, Toxicológicas e Bromatológicas
Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Av. do Café, s/ n°, sala 100D-A, Bairro Monte Alegre, Ribeirão Preto / SP

O Agilent 2100 Bioanalyzer é uma estabelecida ferramenta de eletroforese automatizada utilizada para avaliação de tamanho, quantificação e controle de qualidade de DNA e RNA. As principais vantagens do Bioanalyzer são facilidade de uso, velocidade de análise, baixo consumo de amostra e reagentes e alta reprodutibilidade devido à padronização e automação.
The Agilent 2100 Bioanalyzer is an established automated electrophoresis tool for sizing, quantification and quality control of DNA and RNA. The main advantages of Bioanalyzer are ease-of-use, speed of analysis, low sample and reagent consumption and high reproducibility due to standardization and automation.
Oferecemos serviços de avaliação de integridade de RNA total e avaliação de bibliotecas para sequenciamento em sequenciadores de nova geração (NGS). Para avaliação da integridade de RNA total, oferecemos a possibilidade de corrida eletroforética nos chips RNA 6000 Pico e RNA 6000 Nano. Para avaliação de bibliotecas de DNA, oferecemos corridas utilizando os chips DNA 100 e High-Sensitivity.
O Bioanalyzer 2100 é um equipamento que permite realizar eletroforese capilar para avaliar o tamanho, quantidade e integridade de moléculas de DNA e RNA. É utilizado principalmente para avaliar bibliotecas de sequenciamento de nova geração (NGS) e a integridade de amostras de RNA total.
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Vínculo Valor por Preço
Comunidade Acadêmica Serviço R$ 500,00
Comunidade Externa Serviço R$ 1000,00
Dia da Semana Horários
Das 09:00 às 18:00
Das 09:00 às 18:00
Das 09:00 às 18:00
Das 09:00 às 18:00
Das 09:00 às 18:00

Serviços

Serviços

O centro de Sequenciamento de Ácidos Nucleicos da Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto oferece serviços de sequenciamento de amostras de DNA em larga escala através das plataformas Ion Torrent PGM (ThermoFischer Scientific) e MiSeq (Illumina), indicadas para sequenciamentode genomas/transcriptomas de microrganismos e de painéis gênicos.

Oferecemos também serviços de sequenciamento de DNA em pequena escala através do método de Sanger, utilizando a plataforma 3500 Genetic Analyzer (ThermoFischer Scientific), indicado para sequenciamento de DNA plasmidial e amplicons.